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2022年度税制改正において、住宅ローン控除の手続きについて、2023年1月1日以後に居住する個人が住宅ローン控除の適用を受ける場合には、金融機関等に対して「住宅ローン控除申請書」を提出し、金融機関が直接税務署に残高等の証明を行うこととなり、、借入金の年末残高証明書や最初の申告時に必要な新築工事請負契約書の写し等の添付が不要とされる。
納税者の利便性向上や電子申告推進等の観点から、2024年以後はの確定申告及び年末調整において、年末残高証明書の提出が不要となる。
ただし、金融機関が、システム対応が間に合わないなどで2022年度改正への対応が困難な場合は、現行と同様に年末残高証明書を交付できる経過措置が設けられている。この経過措置により、住宅ローン控除適用申請の手続きは、金融機関等が経過措置を適用するか否かで異なる。経過措置を適用する金融機関等であれば、現行通り適用申請者に年末残高証明書を交付し、その交付を受けた適用申請者は確定申告書に添付して税務署に提出する必要がある。
現行においては、住宅ローン控除を受ける最初の年には確定申告が必要で、入居年の翌年1月(還付のみの場合)から確定申告ができる。翌年以降は給与所得のみであれば年末調整により減税を受けることができ、金融機関からの借入金の残高証明書や税務署から最初に申告をした年に交付される(特定増改築等)住宅借入金等特別控除額の計算明細書を添付して会社に申告すれば、住宅ローン控除が適用される。
所得税の減税分の還付は、確定申告した年は確定申告後から1ヵ月程度で適用申請者に直接振り込まれ、翌年以降の年末調整時は勤務先を通じて還付される。住民税の減税分は、申告した年の6月以降にかかる住民税から減税されることになる。
なお、2022年1月1日以降に住宅の取得や居住を開始した個人の住宅ローン減税は、住宅ローンの年末残高に対して0.7%の減税、控除期間13年間となる。住宅ローンの返済期間が10年以上あり、年末時点の残高に対して0.7%の所得税が減税される。所得税から引き切れないときには、住民税から減税するが、住民税から減税できる金額には上限があり、所得税の課税総所得金額等の5%(最高9.75万円)までとなる。